Kosova’nın 1998-99 Sırbistan’la olan bağımsızlık savaşı sırasında ve sonrasında etnik Sırplara karşı işlenen suçları araştıran bir mahkeme, cumhurbaşkanı ve diğer eski ayrılıkçı savaşçıları insanlığa karşı çeşitli suçlar ve cinayet de dahil olmak üzere savaş suçları hakkında dava açtı. Çarşamba günü Kosova cumhuriyet savcısından yapılan açıklamada, Haşim Thaçi ve diğer şüphelilerin “yaklaşık 100 cinayetten cezai olarak sorumlu olduklarını” söyledi. Kosova bağımsızlık savaşında suçları inceleyen mahkeme ayrıca eski dokuz ayrılıkçı savaşçıyı da suçladı. Diğer suçlamalar arasında zorla kaybetme, zulüm ve işkence sayılabilir.
Kosova kurtuluş savaşı sırasında 10.000’den fazla insan öldü ve 1.641 kişinin akibeti hâlâ açıklanmıyor. Çatışma 78 günlük NATO hava kampanyasıyla sonra sona erdi. Sırbistan Kosova’nın 2008 bağımsızlık ilanını tanımadı ancak Türkiye, ABD, Almanya, İngiltere gibi pek çok ülke tanıyor. Haşim Thaçi, bu suçlamanın tarihin değiştirilme çabası olduğunu ve siyasi maksatı olduğunu bildirdi. Kosovo muhalefeti de iktidar gibi cumhurbaşkanına olan suçlamalara karşı olduğunu bildirdi.